其中，对宁王朱权[6]的徙封及大宁都司的内撤对明朝北部边防影响最大。“天下既定，徙宁王南昌，徙行都司于保定，遂尽割大宁地畀三卫，以偿前劳”。意思是，明成祖朱棣一方面将原来驻守大宁的弟弟宁王朱权徙封南昌，一方面将设在大宁的北平行都司迁往保定。而这一切，都是为了报答兀良哈三卫对其靖难之役的支持。
大宁都司的内徙，给明朝的北部边防造成了致命的影响。尤其是大宁都司内迁到保定后，明成祖朱棣没有在大宁之地重新设防。他即位后在北边布置的镇守总兵官中，唯独没有大宁，所以大宁之地在实质上已经被割让给兀良哈三卫。
尽管明成祖朱棣有诸多冠冕堂皇的理由放弃大宁，但大宁的不设防，等于在辽东和开平之间的边防线上打开了一个大大的缺口，蒙古骑兵可以从这个缺口自由出入，使得明太祖朱元璋最初设计的北部防线出现了断陷，直至导致后来的动摇。明军北部声势隔绝，最后不得不南撤开平。
在大宁都司内迁的同时，东胜州也作了内撤。明成祖朱棣即位后在不到一年的时间内，将北边防线上的两个重要都司撤向内地。这样北部的边防就出现了两个大缺口，一个在辽东与开平之间，另一个在大同与宁夏、甘肃之间。由此，开平势单力孤，成为深入蒙古高原的孤岛，三面受敌，处于岌岌可危的境地。到了宣德年间，明宣宗朱瞻基迫于压力，不得不把开平驻防也撤向了内地。
大宁、开平、东胜州三个重镇的内迁，是明廷重大战略失误，由此对明朝北部边防产生了全局性的影响。而所弃之地则为蒙古部族所占据，成为他们南下侵扰明朝边境的战略基地。
永乐一朝，明朝军力强大，加上明成祖朱棣本人从马上得天下，是个英主，因此终成祖一朝，蒙古始终无力与明军争锋，因而朱棣的“天子守边”看起来相当有效。天子守边的重要根基在于居安思危，这个思危的本意，其实就是说大明的京师北京濒临北边边防。
明成祖朱棣死后，明朝再也没有能力对蒙古各部进行大规模的远征。为了防御蒙古，明廷不得不在内移的防线上据险筑城，屯兵防守。于是西起嘉峪关，东到鸭绿江的数千里防线上逐渐形成辽东镇、蓟州镇、宣府镇、大同镇、山西镇、延绥镇、宁夏镇、陕西镇、甘肃镇等九个边防重镇，号称“九边”，这就是九边的来历。
前沿据点的内移，导致明朝在北边防卫上由主动变成了被动，只能以九边为中心布置军队驻守。而此时明朝的整个防御体系缺乏纵深，对河套地区和长城以外的广大地区失去了控制。蒙古军进入河套地区，构成明朝北边的心腹之患。
更加严峻的形势是，明朝原来的内边变成前线，外险尽失，开门延寇，京师和内地直接暴露于剽悍的蒙古骑兵面前。尤其是大明的国都北京，已经直接站在了国防第一线。而所谓天子守边的根基——居安思危的思想，在明成祖朱棣之后的皇帝们身上，已经日趋淡忘。事实上，明英宗朱祁镇在土木堡被蒙古俘虏事件的潜因，在明成祖朱棣一朝便已经伏下了。
瓦剌军过大同后，大同总兵郭登将军情紧急送往京师。当天，北京全城戒严。
十月初五，明景帝朱祁钰诏诸王派兵入卫。
十月初八，朱祁钰下旨命兵部尚书于谦提督各营军马，统一指挥，将士皆受节制，都指挥以下将官有不奉命的，可以先斩后奏[7]。
当时，各地赶到京师的明军，加上新招募的兵丁，共有二十二万人。因为缺兵少将，于谦急上奏疏，请朱祁钰放出了那些因过下狱的将领，准予戴罪立功，其中便有广宁伯刘安和原大同左参将都督石亨。石亨是一员猛将，善骑射，因之前战败后单骑奔还，被贬官下诏狱。危难之间，于谦大胆用人，熟习军事的石亨被授予重任。
于谦登坛检阅将士后，将各军列阵于京城九门之外。总兵官石亨、副总兵范广、武兴负责守卫德胜门，都督陶瑾列阵于安定门，广宁伯刘安守东直门，武进伯朱瑛守朝阳门，都督刘聚守西直门，副总兵顾兴祖守阜成门，都指挥李端守正阳门，都督刘德新守崇文门，都指挥杨节守宣武门。九门之军，皆受石亨节制。
北京原为明朝第一要塞，建筑格局都是取战时体制。京城九门之中，最重要的当属德胜门。德胜门的名称始于明初。明朝建国之初，明将徐达率军进攻元大都，城破前，元顺帝自大都北门健德门逃走。徐达攻进大都后，将健德门改名为德胜门，有纪念明军取得大胜之意。
明永乐年间，明成祖朱棣营建北京城时，将大都城的北城墙南移五里，重新修建城门和瓮城。又将原来的土城墙改建为砖城墙，名称还叫德胜门。每逢出兵打仗，明军都要从德胜门出发，由此开赴前线作战，以求打胜仗，暗合“得胜”之意；而得胜还朝时，则要进安定门，表明打退了敌人，实现了安定。不过，这只是图个吉利的名头，事实上，明军出德胜门打仗，有打胜仗的时候，也有打败仗的时候。明军在土木堡惨败，便是典型的例子。
瓦剌军从紫荆关和白羊口两路进攻京师的消息传来后，朝廷大震。竟然有言官上奏弹劾已经在紫荆关战死的孙祥，说他弃关逃跑，应给予追究。于谦没有相信。事实上，即使他相信，此时也没有时间来追究孙祥的下落与责任，因为敌方大军已经近在咫尺。
明军战败消息传开后，北京城外郊区的民众一片恐慌，争相收拾行李，拖家带口地逃入北京城内。
而北京城内，各将领对北京战守策略也是意见不一。兵马司建议完全拆毁九门外军民房屋，以免被敌人利用。都尉王通主张在京城外挖筑深壕，以阻挡敌骑冲突。总兵官石亨则提议全军退守城内，坚壁清野，以避贼锋，等到敌人久攻不克，兵马疲惫，然后出击，必能获胜。
于谦却认为前面明军一直在吃败仗，瓦剌肯定因此而轻视明军。他慨然道：“奈何示弱，使敌益轻我？”提出不应该单纯守城，而是要主动出城迎击，给敌人一个下马威。
于是，于谦委派兵部侍郎吴宁代理兵部事，自己亲自率军阵于德胜门外，准备迎击瓦剌的主力军。
十月初十，于谦下令紧闭京城九门，规定作战期间一律不得开门，以示背城死战的决心。并且颁布临时军令：“临阵将不顾军先退者，斩其将；军不顾将先退者，后队斩前队。”
将士们看到城门已闭，知道已无退路，只有勇敢击退敌人，才能死里求生。
兵部尚书于谦以下诸将都亲自督战。于谦躬擐甲胄，身先士卒，“泣以忠义谕三军”，人人感奋。彼时于谦已是新朝廷首屈一指的头号重臣，他亲自披甲上阵，许多明军感动得痛哭失声，决心以死报国。
十月十一日，随着号角声长鸣，瓦剌军前锋抵达京师，并在西直门外列阵，摆开了要大战一场的架势。明英宗朱祁镇则被关在德胜门外的一处空宅子的猪房中。家国近在咫尺，却是有家不能回，其焦灼心情可想而知。
当日，于谦趁敌军立足未稳，派都督高礼、毛福寿率军出击。明军与瓦剌军交战于彰仪门土城北，瓦剌军败。明军杀敌数百人，夺还所掠千余人。初战告捷，军威大振，人心振奋。当天夜里，于谦又派薛斌率精兵偷袭瓦剌军营地，亦有所斩获。
也先此次南下进兵，几乎是倾巢出动，没想到刚到北京城一天之内，就连吃两个败仗，锐气大大受挫。之前，他因为轻而易举地俘虏了明朝皇帝，骄横异常，认为明军不堪一击，甚至他已经计划在几天之内攻下北京。但出乎他意料的是，明军阵容整齐，京师城防严密而坚固，要想攻下北京，绝非易事。宦官喜宁见也先有进退两难之意，便献计让也先遣使讲和，请明廷派大臣来迎回英宗，借以试探明廷的态度，也可以等到有利的时机。
明廷经过紧急商议后，认定这是也先的阴谋，决定不派大臣“迎驾”，但还是应该派遣使者去见太上皇。
此时两军对峙，一触即发，阵前出使显然是一项非常危险的使命，何况朝廷没有打算接受也先的任何条件。经过商议，明景帝朱祁钰采取了重赏招勇的老办法，升通政司参议王复为礼部侍郎，中书舍人赵荣为鸿胪寺卿，派遣二人出城拜见太上皇朱祁镇。
十月十二日，明使者王复和赵荣来到德胜门外土城关也先军营。土城关是古蓟州的遗址，所以又名“蓟邱”，著名的燕京八景之一的“蓟门烟树”，便是指此处。
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