遥想禁城今夜月，六宫犹望翠华临。
阅罢楞严磬懒敲，笑看黄屋寄团瓢。
南来瘴岭千层回，北望天门万里遥。
款段久忘飞凤辇，袈裟新换衮龙袍。
百官此日知何处？惟有群鸟早晚朝。
颇为符合一个流亡皇帝的身份。
对于明成祖朱棣的新王朝而言，朱允炆的生死是个极为敏感的话题。朱棣将在大火中找到的两具尸体当作朱允炆与皇后马氏下葬，但他内心深处也对朱允炆之死很怀疑——
朱允炆当政时，曾以西域青玉琢制为玺，且改八字、四字之古制[23]，玺文曰：“天命明德，表正万方，精一执中，宇宙永昌。”一共十六字，命名为“凝命宝”。朱棣占领南京后派人仔细搜查，始终未能找到凝命宝。皇宫虽然起火，却不会将玉玺烧化，只可能是朱允炆随身带出了宫，以图日后东山再起大事。
朱棣心中起疑，但并不明说，依旧将那具被称为朱允炆的尸体以天子礼敛葬，以安天下。但他心中难安，于是派户科都给事中[24]胡濙，配上认识朱允炆面貌的内侍朱祥，以寻访传奇道士张三丰的名义，从陆路遍访各州、郡、乡、邑，打探朱允炆下落。自此，胡濙钦承上命，巡历四方，东南涉于海隅，西北旋转于沙漠，海内郡县，罔不周流。江西龙虎山天师教第四十三代天师张宇初也曾暗中受命寻访朱允炆。
永乐二年（1404年），又有谣传说朱允炆已经逃亡海外，朱棣开始筹划派亲信宦官郑和领兵浮海，远巡西洋，这就是历史上著名的“郑和下西洋”，但也未查到朱允炆下落。
由于担心出逃的朱允炆与建文旧臣里应外合，朱棣对不肯归附者采取了血腥的屠杀政策，对于那些不肯归附的建文旧臣进行了诛戮，名臣方孝孺、铁铉等人均被处死，且手段极为残酷暴虐，令人发指。
方孝孺死得尤其惨烈。朱棣率军离开北平时，其主要谋臣道衍曾经秘密请求道：“殿下至京，希望保全方孝孺。若杀此人，则天下读书种子绝矣。”实际上，方孝孺是天下名儒，道衍是担心杀掉他，将会引起士人的反感。朱棣满口答应。
占领南京后，朱棣特意请方孝孺上殿拟写登基诏书，方氏坚决不从，朱棣又派方孝孺的学生廖镛、廖铭二人前去劝说，反被方孝孺痛斥一顿。最后朱棣强行派人押解方孝孺上殿，方孝孺便穿着一身重孝服上殿，一进来就大哭不已。
对于正在兴头上的朱棣来说，实在败兴得很。但他却装出颇受感动的样子，走下殿来亲自慰问道：“先生不要难过了！朕本来是要效法周公辅成王的。”
方孝孺答道：“成王在哪里？”朱棣道：“他自焚死了。”
方孝孺复道：“为什么不立成王的儿子当皇帝？”朱棣道：“国家要依赖年长的君主来治理。”
方孝孺进一步逼问道：“那为什么不立成王的弟弟？”
话到这里，朱棣十分狼狈，实在难以对答，只好说道：“这是朕的家事，先生不必过多操劳。”命左右将纸笔递与方孝孺，婉语劝道：“先生一代儒宗，今日即位颁诏，烦先生起草，幸勿再辞！”
方孝孺投笔于地，且哭且骂道：“要杀便杀，诏不可草。”
朱棣忍不住气愤，便道：“你何能速死？就算你自己不怕死，难道不顾你的九族吗？”
方孝孺厉声道：“即使灭十族，又敢奈我何。”说到此处，复拾笔大书，再掷付朱棣道：“这便是你的草诏。”纸上竟然是一个“篡”字，触目惊心。
朱棣终于被彻底激怒，命人用刀割开方孝孺的口，一直割到两耳。又命人诛杀方孝孺九族，又将其朋友门生列为一族，共称“十族”。受方孝孺牵连被杀的有八百七十三人，这些人被当着方孝孺的面一个个处死，最后才轮到方孝孺自己。据说是用两块石板夹住，然后用铁锯从头部锯下而死，死后还被碎尸于南京聚宝门外。
方孝孺被害前，曾咏《绝命词》一首：“天降乱离兮孰知其由，奸臣得计兮谋国用犹。忠臣发愤兮血泪交流，以此殉君兮抑又何求？呜呼哀哉兮庶不我尤！”时年四十六岁。
方孝孺也是中国历史上唯一一个被诛灭十族的人。其后，朱棣还余怒未消，派人挖了方家的祖坟，并下旨：“藏方孝孺文者皆死。”但方孝孺门客仍冒着生命危险收藏了方孝孺的遗稿，后来编成《逊志斋集》及《方正学先生集》等[25]。
兵部尚书铁铉亦死得相当壮烈。铁铉曾经在济南城下用诈降之计，差点儿杀死朱棣。朱棣亲自审问，铁铉宁死不肯面对朱棣，背向而坐。朱棣让他回头看一眼，终不可得。朱棣盛怒下命人割去铁铉的耳朵鼻子，铁铉仍然谩骂不止。朱棣遂命人将其凌迟碎剐，将其尸投入油锅，炸成焦炭。
御史大夫景清曾谋划假降刺杀朱棣，结果失败。景清被剥皮填草，挂在城门示众。后朱棣梦见景清披头散发，持剑追杀他，遂又让人用铁刷子将景清尸身上的肉一块块刷掉，肉刷光后，再将骨头打碎。朱棣犹不解恨，灭其族，籍其乡，称为“瓜蔓抄”。景清的街坊邻居都因此受株连被杀。青州教谕刘固曾因母亲年迈提出辞职，景清写信给刘固，让他到京城来任职。仅因这一层引荐关系，刘固全家被杀，连其老母都没有放过。
御史高翔在朱棣即位后穿着丧服入见，朱棣除了诛杀其族外，还将高翔祖先的坟墓挖开，掺杂上一些牛马的骨头，一起焚成灰扬掉。又将高翔的田产分给附近的百姓，征收特别重的税，目的是为了让乡亲世世代代骂高御史。
不肯归附的建文旧臣家中男丁通通被杀，妻女命运则更加悲惨，不分老幼均发往教坊司，充作官妓。被凌辱折磨致死后，尸体还被抬出去喂狗，且是朱棣亲自下的圣旨。
铁铉的两个女儿正当妙龄，均被发往教坊司为娼妓，但两女数日不受辱。铁铉学生高贤宁与锦衣卫长官纪纲交好，托他出面说情。彼时纪纲正受宠幸，朱棣总算动了恻隐之心，放过了铁铉的两个女儿。二女后来都嫁给高贤宁为妻。
以高压恐怖手段镇压建文旧臣后，朱棣始终未放弃派人寻找朱允炆的下落。永乐二十一年（1423年），在外面漂泊十几年的胡濙突然赶回北京。此时朱棣正大举北征，正在宣府[26]驻军。胡濙匆忙赶到宣府时，已经是深夜，朱棣已经睡下，听到是胡濙回来，立即披衣召见。君臣二人一直密谈到四更，谈话内容无人得知，然此后朱棣停止派人追查朱允炆的踪迹。因而有人推断，胡濙已经打探到了朱允炆的确切消息，且事隔多年，朱允炆已经没有任何争夺皇位的想法和可能，朱棣确信了这一点，终不再有顾虑[27]。
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