对于这种分封的弊端，一些有远见的大臣早就看出来了，只是很少有人敢公开说。著名的文士解缙率直敢言，他“数上封事，所言分封势重，万一不幸，必有厉长、吴濞之虞”。
说得最直接的大概要数府学训导叶伯巨了。洪武九年（1376年）星变，朱元璋按惯例诏求直言。叶伯巨当时以国子生授平遥训，上书直言切谏。他在奏章中明确提出了三个问题：分封血亲诸王及其掌管兵权，皇帝过分依赖严刑重罚；以及皇帝治国和建立制度过于匆忙。就第一点，叶伯巨指出，过分热心地分封诸王可能为将来某一亲王僭位创造条件，他甚至预言燕王终将有争位之举，“而秦、晋、燕、齐、梁、楚、吴、蜀诸国，无不连邑数十。城郭宫室亚于天子之都，优之以甲兵卫士之盛。臣恐数世之后，尾大不掉，然后削其地而夺之权，则必生觖望。甚者缘间而起，防之无及矣。”
这份关于藩王危险性预测的奏章，在后来得到了验证。最富有戏剧性的是，当时燕王朱棣还没有就藩，叶伯巨居然就预言到了朱棣将来会谋反。
奏书上后，朱元璋大怒道：“这小子敢离间朕父子骨肉，速速逮来，朕要亲手射死他！”
叶伯巨被枷解到南京，虽然侥幸没有被朱元璋射杀，但不久便饿死在狱中。更为不幸的是，叶伯巨所言后来果然成了事实。
朱元璋将军事大权交付给了自己的亲生儿子，总算才放了心。以亲王守边，内地的各个大城市，也都由自己的儿子出镇，每一个王国都是军事中心。这样，虽然京师远在东南，也不会有太大的问题。诸亲王每年秋天勒兵巡边，远到塞外，练兵习武，叫作“肃清沙漠”。凡是亲王都参与军务，其中晋王和燕王屡次受命领兵出塞。大将如宋国公冯胜、颍国公傅友德都受晋、燕二王节制。军中大小事务由亲王决断，大事才报告朝廷。晋、燕二王军权独重，立功也最多。
朱元璋自以为这样安排，十分周全。但是他没有想到，给儿子过重的军权，会造成皇家的内部矛盾。朱元璋去世后，皇太孙朱允炆继位，皇权与藩王之间积累已久的矛盾便急遽激化。一方面，是朱允炆担心诸王权力过于强大，积极着手“削藩”；另一方面，以燕王朱棣为首的藩王们极力要求维护自己既得的权位，最后爆发了“靖难之役”。内战的结果是建文帝朱允炆败亡，朱棣夺得皇位，史称明成祖。
朱棣为夺取皇位所发动的靖难之役给北部边防带来巨大的影响，其最关键的就是北边防线出现了两大缺口：一是大宁都司之废；二是东胜卫之撤。
朱棣即位后，对北边的防卫体系重新进行了部署：其一是将诸王防边的体制改变为大将镇守边陲军镇的体制，分别派亲信大将镇守辽东、陕西、宁夏、大同、甘肃、宣府、永平山海六处军事要地；其二是将有威胁的藩王向内地迁徙，或者将藩王的兵权削夺。