景泰一朝，陈循、王文、高穀、萧镃、商辂五位内阁大学士并不和睦，陈循、王文尤为苛刻营私。而江渊好发议论，言语之间常常得罪同僚，所以“每为同官所抑”，在刑部任上时颇为失意。当时兵部尚书于谦因病告假，景帝朱祁钰下诏推选一名大臣协助处理兵部事务。江渊极想得到此职，于是到内阁活动。陈循等假意推选江渊，商辂起草完奏章后，将“石兵江工”四字给江渊看。江渊不解其意。不久诏令下达，调工部尚书石璞去兵部，以江渊代替石璞。江渊大为失望。
后明景帝朱祁钰想改立自己的儿子朱见济为太子，但没有大臣首倡，一直不得其法。当时广西土官黄为了逃脱杀兄杀侄的死罪，得人指点，上奏请求改立太子，从而获得了朱祁钰的欢心，由此被赦免了死罪。当时有人传说，黄不过是广西的一个土官，怎么会懂得这些，一定是受了江渊的指点。甚至传闻黄的奏疏也是江渊代拟的。这流言如何而起，为何要针对江渊，最终有什么目的，一直没有人真正弄清楚。但这流言在京城广为传播，虽然无从证实，“人言籍籍，多信其说”，给江渊声誉名望带来很大的影响。
直到新科进士丘濬入翰林院后，仰慕江渊诗文才华，才挺身而出，道：“黄奏疏是否由江公代拟，很容易辨别，广西的纸与京师的纸不同。”于是将黄原奏取来一验，果然是广西纸，证明奏疏是黄自广西所上，这才得以还江渊清白。
但这件事并没有就此平息。明英宗复辟后，既然以谋立襄王世子的流言杀了于谦、王文，那么也可以因指点黄的谣言将江渊论罪，江渊遂被充军。
内阁大学士萧镃，字孟勤，同邑[3]人。宣德二年（1427年）进士。宣德八年（1433年），明宣宗朱瞻基命宰相杨溥合选三科进士，拔二十八人为庶吉士，萧镃名列第一。史称萧镃“学问该博，文章尔雅，然性猜忌，遇事多退避”。他曾接替李时勉为国子监祭酒，在士子中深孚众望。
土木堡之变后，明景帝朱祁钰即位，想废掉明英宗太子朱见深，改立自己的儿子为太子。萧镃上书反对道：“无易树子，霸者所禁，矧天朝乎。”后来朱祁钰病重，大臣们又准备复立朱见深为太子，萧镃却认为：“既退，不可再也。”就因为这句话，明英宗复辟，萧镃也在被清算之列。
较之前四位内阁大学士有所不同的是，商辂未正式步入仕途前已是名震天下的“三元及第”者，是大明立国以来乡试、会试、殿试三元都是第一的唯一一人。商辂为人侃侃守义，宽厚有容，与群臣关系都不错。明英宗复位后，最先召内阁大学士高穀和商辂于便殿，温言安慰，命二人起草《复位诏》。显然，高穀和商辂势必继续得到重用，不在清算之列。
而商辂后来之所以被弹劾与王文朋比为奸、谋主襄王世子为太子，仅仅是因为他在夺门之变后，没有迎合徐有贞、石亨的意图。夺门之变后，徐有贞入阁，欲尽揽事权，于是帮助石亨剪除诸阁臣，排斥异己，安插亲信。商辂不肯附和，由此引起徐有贞不满，后来又因为起草赦文一事，进一步惹怒了权臣石亨。
因为皇帝复位，按照惯例要大赦天下，大赦不光包括赦免罪犯，还要免除前朝于民不利的措施。而明景帝刚即位的时候，大敌当前，一切事务都是以军情为主，所以明军将帅有不少扰民的措施，之后一直没有废除，还演变成将帅谋取私利的特权。按照成法，这些措施都应该在大赦书中被废除，石亨为了保全自己的特权，特地找商辂商议，让商辂不要将这些措施列入赦文。商辂很清楚石亨的私心，回答说：“旧制不敢易。”如此一来，石亨很不高兴，所以将商辂也列入了清算的名单，关进了监狱。
当年阮浪、王瑶金刀案时，商辂曾劝景帝道：“卢忠病风，无足信，不宜听妄言，伤大伦。”明景帝朱祁钰这才没有继续追究。明景帝病重时，群臣预备复立太子，推举商辂执笔写《复储疏》。商辂写道：“陛下是宣宗章皇帝之子，当立章皇帝子孙。”“陛下”是指景帝朱祁钰，“章皇帝子孙”则是指沂王朱见深。闻者无不感动。这就是在夺门之变发生前写成的那封奏疏，因为当时已经日落西山，所以没有送入大内，而在当天晚上就发生了夺门之变。
商辂下狱后，上书自诉，说自己主张立沂王朱见深为太子，并没有谋立襄王世子，有他所拟的《复储疏》为证。《复储疏》当时收在礼部，一验便知分晓。
明英宗朱祁镇本来器重商辂，便命人取来《复储疏》，结果读后勃然大怒，说商辂舞文弄墨，不直接提沂王，而称“当立章皇帝子孙”，是为取巧。
此刻，商辂性命已是命悬一线。司礼监宦官兴安正好在侧，不顾自己已经失宠，在一旁抗辩道：“商辂没有取巧，取巧的是徐有贞！陛下是否还记得，正是这个徐有贞当年倡议南迁。倘若南迁，不知道将陛下置于何地。”
朱祁镇听了这话，默然许久，脸色总算缓和了下来，之后只将商辂削职为民。
商辂能保住性命，与兴安在明英宗面前的据理力争有很大关系。而后来朱祁镇评议有功之臣，石亨等人都加官进爵，只给徐有贞加官，但没有进爵，可见当时兴安的一番话对英宗有相当大的触动。
兴安与金英在永乐年间一道入宫，但金英在宣德、正统两朝权势熏天，兴安远远不及。后明景帝朱祁钰欲立己子为太子，金英没有明确赞同，兴安则前后奔走，出了大力，由此成为明景帝心腹，并一举超越了金英的地位。明英宗复辟时，金英早已过世，朱祁镇虽然杀了景帝众多心腹宦官，却还是放过了兴安，只将其免职。兴安不久即病卒。
受冤而死的还有都督范广。范广，辽东人，嗣世职为宁远卫指挥佥事，性刚果，精骑射，骁勇绝伦。正统十四年（1449年）积功迁至辽东都指挥佥事。土木堡之变后，迁都督佥事，充左副总兵。也先入犯京师，范广奉命守德胜门，跃马陷阵，身先士卒，击退也先，以功迁都督同知。史载范广“每临阵，身先士卒，未尝败衄。一时诸将尽出其下，最为于谦所信任，以故为侪辈所忌”。范广对石亨的嚣张跋扈一向不满，二人早有矛盾。夺门之变的主谋之一张軏也与范广素来不合。石亨和张軏便挟怨报复，诬蔑范广附于于谦，谋立外藩，遂逮捕入狱，于天顺元年（1457年）二月初九被磔于市。
范广死后，儿子范升充军广西，妻女被赐予士兵，备受凌辱。范氏一门遭遇之惨，下不于靖难之役后忠于建文帝朱允炆的方孝孺等人。
张軏还趁机揭发了自己痛恨的杨俊。杨俊是名将杨洪次子，守永宁、怀来的时候，命手下将士不要轻易开门接纳明英宗。明英宗回到北京的时候，杨俊则说，“是将为祸本”。结果被张軏揭发，下锦衣卫诏狱死。
功名富贵若常在，汉水亦应西北流。巧合的是，张軏虽然因参与夺门之变立有大功而被封侯，荣华富贵并没有享得长久。事隔清算不久，张軏便得了暴疾，晚上无法入睡，痛苦了一个多月，终于死去。时人相信因果报应，认为这是范广、杨俊向张軏索命所致。
还有一些大臣也因为明英宗复位而遭殃，比如土木堡之变后在大殿上率先殴打王振党羽锦衣卫指挥马顺的王竑。王竑此时已经是左副都御史，先是被降为浙江参政，后又削官为民，送江夏管制。这一方面是一朝天子一朝臣的老理，另一方面，也侧面表达了明英宗依旧不忘王振的复杂心理[4]。
何文渊，由进士擢湖广道监察御史，历任刑部右侍郎、吏部左侍郎、吏部尚书等职。明英宗朱祁镇复位后，何文渊因为当年赞成景帝改立太子，还说了“父有天下传于子”的话，知道朱祁镇一定不会放过自己，惧而自杀。
而那位第一次被派去瓦剌迎接明英宗朱祁镇的李实，因为当年在漠北当面斥责朱祁镇用人不当、导致土木堡之败，明英宗复辟后，以李实所著《北使录》多虚诞将其从理院事除名。天顺七年（1463年）九月，李实因微过被逮捕入狱，后经人营救，被释放为民。
不过，明英宗并不忌讳谈及那场导致自己人生命运改变的土木堡之变。他重新当上皇帝后，还下诏土木堡内修建显忠祠，以祭祀、褒扬土木堡之变中牺牲的将士。相较于明景帝登基后的冷酷、一心只顾固位，明英宗更显出几分人情味来。
残酷的战役，精巧的权术，最终都化作了黄土。只有肃穆的土木堡显忠祠巍然屹立，提醒着后世人们，这里曾发生过不平凡的战事。
清算由外到内，终于到了明英宗朱祁镇仇恨的根源上——那就是他的亲弟弟朱祁钰。
这其中还有个笑话，夺门之变后，明英宗朱祁镇复位心切，正月十七立即宣布复位，但是他却忘记了要先废除弟弟明景帝的皇位，于是，大明朝就同时出现了两个皇帝。朱祁镇后来才意识到这一点，只好二月份才下旨废除朱祁钰帝位，重新封回为郕王，还居西内。同时，以孙太后的名义，贬郕王生母皇太后吴氏复为宣庙贤妃，废后汪氏复为郕王妃，削孝肃皇后杭氏谥号，改朱祁钰子朱见济谥号怀献太子为怀献世子。
朱祁钰不久即在冷宫中死去，死因可疑。朝野风传是英宗派宦官蒋安用布帛勒死了朱祁钰，朝中大臣亦坚信这种说法，只是碍于明英宗的面子，不好明说，只记载郕王是“薨”[5]。
朱祁钰即位后，花费巨大财力，事先为自己在昌平皇家陵园修建了陵墓。明英宗朱祁镇恼恨弟弟，命人毁其生前所建寿陵，只以亲王礼葬于京西金山，不仅有贬谪之意，更有折辱的成分[6]。
即便如此，明英宗还觉得积恨难平，在复辟诏书中严厉指斥亲弟弟朱祁钰道：“岂期监国之人，遽攘当宁之位。”不久，又假借皇太后制谕，宣布朱祁钰的罪状：贪天位，用邪谋，废黜皇储，私立己子，变乱彝典，纵肆淫酗，不孝、不弟、不仁、不义，秽德彰闻，等等。
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